De acuerdo a la estación de monitoreo localizada al centro del lago, en el año 2009 la mayor parte de los parámetros determinados cumplen para evaluar la calidad del agua con los criterios ecológicos para los usos público urbano, riego agrícola y protección de la vida acuática, excepto el parámetro de sulfatos(SO4). El agua presenta una alta concentración de sólidos disueltos, lo cual es una condición natural debido a que se alimenta principalmente del acuífero, que se caracteriza por el tipo de agua cálcica bicarbonatada de alta conductividad. El oxígeno disuelto es moderadamente alto en el agua superficial y declina su valor hasta valores nulos en el fondo del lago; debido a la presencia de una capa de agua intermedia (termoclima) natural que impide la mezcla completa de agua superficial con la del fondo y que a finales del año, las aguas del fondo carentes de oxígeno, emergen y se mezclan con las superficiales, ocasionan una considerable disminución de concentración de oxígeno en el agua superficial, ocurriendo una mortandad masiva de peces. Resultados obtenidos del análisis físico – químico de la calidad del agua muestra que ésta es moderadamente potable; tiene una dureza elevada (agua cálcica bicarbonatada).
La Secretaría de Salud Federal a través de los organismo estatales realiza un monitoreo de la bacteria Escherichia coli en las aguas del lago; los resultados son nulos o mínimos en algunas zonas; con ello se garantiza la salud de los turistas.
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